内一科成立于1985年，由消化内科、神经内科两专业组成。2001年传染科撤销后并入内一科，改为感染组。在2003年抗击“非典”期间，内一科两次作为隔离病区收治病人，消化内科、神经内科病人暂时收入内三科治疗。2005年年初，脑电图室从功能科分离出来并入内一科。
经过20多年的发展，科室设备配置和人员技术力量得到不断加强，现开放病床47张，下设内镜室、肝病门诊、肠道门诊、脑电图室，含消化内科、神经内科、感染科等3个专业。配备有电子胃镜、纤维结肠镜、脑电图机、经颅多普勒诊断仪等医疗设备。
    科室医护人员临床经验丰富，服务态度好，连续多年被评为医院“先进集体”；被评为广州海运“双文明集体”、“中海杯”劳动竞赛优胜集体、广州市“护理先进集体”、全国“巾帼文明示范岗”。
    1、 消化内科
    消化内科是医院的重点专科，全国胃肠病诊治协作组基地，广州市和交通部系统消化科研协作组成员，包括消化内科病房、内镜室、专科（家）门诊及感染疾病组、肝病门诊、肠道门诊。
    消化内科对消化系统疾病的诊治有较高水平，对消化专业疑难及急危重症的救治有丰富的经验。于1982年开设纤维胃镜检查，1984年开设纤维结肠镜检查，属于广州市开展纤维胃肠镜检查较早的医院之一，并于2004年8月开展了电子胃镜检查技术。目前科室内窥镜室拥有电子胃镜、结肠镜和十二指肠镜等先进的医疗设备，除开展常规胃肠镜检查外，还开展镜下活检、染色、止血、取异物和息肉切除等内镜诊疗项目。并根据病人需要、病情变化开展无痛胃肠镜检查和急诊胃肠镜检查，难度较高的十二指肠镜下逆行胰胆管造曩检查达到三级医院水平。科室设有消化实验室开展消化系统疾病的研究，目前开展幽门螺杆菌检测的一分钟尿素酶法、病理切片法及14C、13C吸气试验，达到国内先进水平。重视科教工作，承担及完成院内科研课题20余项，在省级以上医学刊物发表论文百余篇，年接受医药院校、护校的实习医生和护士30多人。
    科室技术力量雄厚，现在拥有主任医师1名、副主任医师2名、主治医师4名，其中硕士生导师1名，在读硕士生1名。
    2、 神经内科
    神经内科是医院重点专业之一，开展了脑梗塞早期降纤治疗、脑梗塞超早期静脉溶栓治疗，擅长治疗脑血管意外、癫痫、中枢神经系统感染等，目前正开展神经康复专业的业务。科室技术力量雄厚，先后派出多人到三甲医院进修，现有副主任医师3名，主治医师3名，其中在读硕士研究生1名。下设脑电图室、专家专科门诊和心理咨询门诊。已发表医学论文百余篇，完成医院科研课题十余项。
    3、 感染科
    1985年设置传染科，主要收治患有相关疾病的船员。后由于疾病谱的变化，感染性疾病发生率下降，于2001年撤销传染科，并入内一科，下设感染病房、肝病门诊和肠道门诊。肝病原体门诊是全国肝病协作组确认的临床治疗基地之一，对病毒性肝炎尤其是乙型病毒性肝炎的诊治有丰富的临床经验，采用中西医结合的方法治疗乙肝获得较满意的疗效，对重症肝炎的抢救有较高的救治成功率。近年来开展的抗纤维化治疗慢性肝炎、肝硬化，取得较好疗效。对感染性疾病的诊治有较高水平，常规收治病毒性疾病、立克次体病、衣原体感染、去原体感染、细菌性疾病、真菌性疾病、螺旋体病、寄生虫性疾病、感染性腹泻和不明原因发热等疾病。