1987年呼吸内科从内二科分离出来后，单独组成内三科，下设肺气肿治疗中心。1995年心血管专业从内二科分离出来后并入内三科。目前由呼吸内科、心血管内科两专业组成。
    经过多年的发展，科室设备配置和人员技术力量得到不断加强，现开放病床40张，下设住院病区、心电图室、心脏超声室、肺功能室、重症监护室。现有专业医疗设备：遥控心电监护仪、床边多功能监护仪、心电除颤仪、食道电生理检测仪、临时起搏器、GE全身彩色超声心动图机、莫林无线遥测运动夹板心电图机、24小时动态心电图电脑分析系统、24小时动态血压电脑分析系统、全电脑分析心电图机、拉斐尔全能呼吸机、BIBAP呼吸机、纤维支气管镜、肺功能仪。
    科室医护人员临床经验丰富，服务态度好，先后获得中国海运集团公司先进集体、广州海运先进集体、广州海员医院先进集体，获中国海运集团公司十佳文明服务示范窗口、广州海运青年文明号。有6名同志先后被授予医院青年岗位能手称号，10位同志先后获优秀共产党员称号。
    1、 心血管内科专业
    心血管内科专业包括心血管病房、心血管专科（家）门诊及心电图室、心脏超声室。医院一直对心血管内科大力投入，目前心内科已配备多种诊断、治疗和抢救设备。心内科对心血管疾病有较高的诊治水平，对心内科疑难及急危重病的救治有丰富的经验。在巩固原有诊疗水平和项目的基础上，继续进行多种新技术、新项目的开发与研究。目前已能熟练开展临时起搏器置入术、永久起搏器安植术、食道电生理检查术、经食道心脏起搏术、运动夹板试验、24小时动态心电图监测，掌握了急性心肌梗死的芗溶栓治疗、恶性心律失常的药物监护治疗、顽固性心力衰竭的多因素综合治疗、高血压危重症的监护治疗；创造各种条件，为心血管病人开辟生命的绿色通道。积极用循证医学的证据为心血管病人选择最合理的治疗方式，诊疗水平达到国内先进水平。
本专业现有副主任医师2名，主治医师3名。共发表论文近100篇。
    2、 呼吸内科专业
    在建院之初，根据当时海员及社区居民疾病谱的特点，设置了呼吸内科专业，1987年成立了肺气肿治疗中心。目前本专业下设有呼吸内科专科专家门诊、住院病房、肺功能室。
    呼吸内科专业在近20年的发展过程中，逐步开展了肺功能检查、胸膜活检、经皮肺活检术、支气管激发试验、纤支镜代胸腔镜检查术、支气管扩张试验，掌握了胸腔内注射尿激酶治疗结核性胸膜炎、双水平正压勇气治疗早期呼吸衰竭、胸膜粘连松解术、纤支镜引导肺泡冲洗术、纤支镜引导局部支气管造影术、纤支镜引导支气管气管支架术等高新技术，擅长治疗支气管哮喘、慢性阻塞性肺气肿、支气管扩张、肺心病等呼吸系统的常见疾病。呼吸内科专业的技术水平达到市内三级医院的水平。
    本专业有副主任医师2名，主治医师2名。先后有16名医务人员到上级医院进修学习，发表学术论文120篇，完成省级科研立项1项，广州海运科研立项1项，医院立项12项。